Pour la réalisation de ses missions, la direction générale est organisée en directions et en services rattachés.

Des directions techniques:

la direction de la logistique et du patrimoine ; la direction de la normalisation et de la qualité des soins de
santé primaires ;
la direction de la participation communautaire au développement de la santé ; la direction de la promotion du partenariat local pour la santé. Des directions administratives :
la direction de l’administration et des finances ; la direction des ressources humaines ; l’agence comptable.
Des directions régionales. Des services rattachés : la personne responsable des marchés ; le service du contrôle interne.

 En sus des directions et services sus cités, l’’AGSP peut créer par délibération du Conseil d’administration d’autres directions ou services utiles à son fonctionnement.